Die Negativkontrastierung ist eine Methode zur Darstellung von kleinen Objekten wie beispielsweise Proteine, Makromoleküle und Viren sowie zur Visualisierung von Zellfortsätzen und der Begeißelung von Bakterien.

Für die Negativkontrastierung werden die Objekte auf einem Trägernetzchen gebunden und anschließend mit Schwermetallsalzen kontrastiert. Die Schwermetallsalze lagern sich um die Strukturen ab, so dass die Objekte im Transmissionselektronenmikroskop hell vor dem dunklen Hintergrund aus umgebendem Schwermetallsalz erscheinen.