Bei der Laser-Scanning-Mikroskopie rastert ein fokussierter Laserstrahl ein Präparat ab. In der Konfokalmikroskopie gelangt durch eine Lochblende (Pinhole) nur Fluoreszenzlicht eines winzigen Teils der angeregten Probe in das Mikroskop. Dies hat den entscheidenden Vorteil, dass das Hintergrundsignal ebenfalls fluoreszierender Bestandteile aus höher oder tiefer liegenden Schichten des Präparats ausgeblendet wird. Wenn ein dreidimensionales Bild aufgenommen werden soll, geschieht dies, indem Bilder verschiedener Fokusebenen nacheinander erstellt werden.