Die Epifluoreszenz-Mikroskopie in Kombination mit spezieller Software stellt eine Alternative zur konfokalen Laser-Scanning-Mikroskopie dar. Hierbei wird das Streulicht von oberhalb und unterhalb der Fokusebene mit Hilfe von Algorithmen aus der Fokusebene eliminiert (Deconvolution). Voraussetzung hierfür ist, dass ein Bilderstapel aufgenommen wird, der das Objekt in verschiedenen Ebenen abbildet. Geringere Lichtintensität (Bleichen/Fototoxizität) und eine schnellere Aufnahme der Bilder sind hierbei - besonders bei relativ dünnen Präparaten - ein wesentlicher Vorteil gegenüber der konfokalen Laser-Scanning-Mikroskopie.